Das Rauchgas tritt oben aus dem Kessel aus. In der ersten Reinigungsstufe wird das Rauchgas entstickt. Stickstoff ist als natürlicher Bestandteil in der Luft und in der Kohle enthalten. Erst bei der Verbrennung verbindet er sich mit dem Luftsauerstoff zu Stickoxiden (NOx). In einem ersten Schritt den so genannten Primärmaßnahmen wird dieser Oxidationsprozess durch den Einsatz emissionsarmer Wirbelstufenbrenner stark herabgesetzt. Die noch verbliebenen Stickoxide werden in einem sekundären Reduktionsverfahren (selektive katalytische Reduktion = SCR) mit einem Gemisch aus Ammoniak (NH3) und Luft (O2) angereichert, durch einen Katalysator geführt und dabei in Stickstoff (N2) und Wasserdampf (H2O) zerlegt.

Zweite Station der Reinigung ist ein elektrischer Filter, der den Staub aus dem Rauch zieht. Damit er wirkt, wird der Staub im Rauch zunächst negativ aufgeladen. Strömt er jetzt durch ein elektrisches Feld, lagert er sich an positiv geladenen Niederschlagselektroden ab. Durch Vibration in einem mechanischen Abklopfverfahren lösen sich die Partikel und fallen in einen Ascheabzug. Die Reinigungswirkung dieses Verfahrens liegt in Zolling bei über 99 Prozent. Damit werden die gesetzlich vorgeschriebenen Grenzwerte deutlich unterschritten. Die Flugasche aus dem Elektrofilter findet als Zuschlagsstoff in der Baustoffindustrie Verwendung.

Bevor das Rauchgas am Ende ins Freie gelangt, wird es durch einen Waschturm der modernen Rauchgas-Entschwefelungsanlage (REA) geschickt. Hier reagiert das enthaltene Schwefeldioxid (SO2) mit einer flüssigen Kalksteinmehl-Suspension und Luftsauerstoff chemisch zu Rohgips. Mit diesem so genannten Bischoff-Verfahren wird ein Entschwefelungsgrad von mehr als 90 Prozent erreicht. Der anfallende Rohgips wird in einem Vakuumbandfilter getrocknet. Die Baustoffindustrie nutzt ihn anschließend als Wertstoff.